Школски одбор је орган управљања ЈУ Медицинска школа Добој. Има седам чланова, а именује их Министарство у име оснивача: два представника запослених, два представника оснивача, два представника родитеља на приједлог Савјета родитеља и једног представника јединице локалне самоуправе. Мандат траје четири године, а рад чланова је добровољан и не плаћа се.
Његове најважније надлежности су доношење Статута и других општих аката школе, усвајање годишњег програма рада и финансијског плана, праћење трошења средстава, усвајање извјештаја о пословању и годишњег обрачуна, одлучивање о инвестицијама, доношење приједлога плана уписа, као и разматрање жалби ученика и радника. Такође, Школски одбор расписује конкурс за избор директора и доставља Министру документацију кандидата који испуњавају услове.
Одлуке су ваљане ако за њих гласа већина од укупног броја чланова. Предсједника и замјеника предсједника Школски одбор бира из реда својих чланова, а свој рад уређује Пословником о раду. Ово је прописано члановима 24–26 Статута школе.